Dotyczą bezpośrednio struktur zęba – szkliwa, zębiny, cementu korzeniowego, miazgi oraz tkanek okołowierzchołkowych. Mogą być one spowodowane czynnikami genetycznymi, urazowymi (stłuczenia, zwichnięcia, złamania: zarówno w obrębie korony, jak i w obrębie korzenia; wybicia, pęknięcia szkliwa lub zębiny), a także chorobą próchniczą tkanek twardych: szkliwa, zębiny, cementu korzeniowego. Genetyczne tło chorób zębów eliminuje się poprzez niedopuszczanie do rozrodu osobników, które ten materiał przekazują. Zmiany, które powstały na skutek urazu leczy się poprzez odbudowę zęba za pomocą wkładów i koron.

Choroba próchnicza jest najczęstszą przyczyną chorób miazgi, dlatego jej zapobieganie, wczesne wykrywanie oraz leczenie pozwala na zachowanie, w całości lub przynajmniej w części, żywej miazgi zęba. Nieleczona choroba próchnicza doprowadza do odwracalnych lub nieodwracalnych zapaleń miazgi, a w konsekwencji również do chorób tkanek okołowierzchołkowych. Leczenie zależy od etapu choroby, z którym mamy do czynienia i może to być: standardowe leczenie ubytków próchniczych, wypełnienia materiałami, chemo- i światłoutwardzalnymi, leczenia chorób miazgi i tkanek okołowierzchołkowych, a także leczenie kanałowe polegające na usunięciu miazgi komorowej, korzeniowej i wypełnieniu powstałych ubytków przeznaczonymi do tego specjalnymi materiałami przy użyciu nowoczesnych metod (radiowizjografia) i narzędzi.