Ma na celu wykrycie mikroorganizmu odpowiedzialnego za objawy chorobowe i jeśli jest to możliwe, wykonanie antybiogramu, czyli określenie antybiotyku, na który wyhodowana bakteria jest najbardziej wrażliwa. Pobranie materiału do badania dokonuje się z różnych części ciała, w zależności od tego czego dotyczą objawy: mogą to być wymazy z worka spojówkowego, z gardła, z uszu, ze skóry, z pochwy. Poddany badaniu może być również kał, mocz, płyn z jamy otrzewnowej, płyn mózgowo-rdzeniowy, a także krew.